澎湖地區在日據時代原無矯正機關之設置，光復後，經澎湖縣參議會之建議，始於民國38年11月指派謝福慈為澎湖監獄典獄長負責籌備，旋復改派單秀驊接任。民國39年4月，賃馬公鎮石氏木造樓房一棟，暫充辦公處所及收容人犯之房舍，並積極籌備興建監獄事宜。

民國39年10月20日報奉行政院核准撥用馬公鎮紅木埕大字第361之2號與361之3號兩段土地，面積166,754甲，為興建澎湖監獄用地。於40年 7月開工，同年11月6日完工，計完成一樓平頂舍房三棟，呈扇型，木造二層警亭一間，木造一樓辦公廳一棟，並於41年2月遷入新址，門牌號碼為馬公鎮新生路 106號。41年復請款續建工場及圍牆，至此澎湖監獄建築初具雛形。

由於民國40年所建舍房過於簡陋，混凝土剝落，鋼筋銹蝕嚴重，經本監迭次爭取，乃於民國52年奉核撥新台幣60萬元整，鳩工興建日新大樓。新建日新大樓為二層樓，鋼筋混凝土加強磚造之結構，仿照原高雄看守所之建築型體，設雜居房19間，獨居房10間，可收容300人，面積627,665五平方公尺。該建物於民國53年1月28日開工，同年6月16日完工。原有40年所建舊舍房，由於破舊不堪使用，且已逾使用年限，經報奉核准後予以拆除。

臺灣早期大部分監獄係日據時代所建，房舍老舊，且因人口增加經濟成長犯罪率隨著逐年增 加，各監獄均擁擠不堪。法務部為紓解各監所擁擠情形，訂定｢改善監所六年計畫｣。澎湖監獄亦在遷建範圍之內。本監於73年11月開始籌劃，於77年底完工遷入現址，建築物座北朝南，圍牆縱長315公尺、橫寬230公尺、圍牆內面積7.245公頃，建築總面積10,246.35坪，建築型態方正莊嚴。

舊監原址於80年成立臺灣澎湖看守所，並派所長視事；法務部為精簡組織，節省人力，繼 自87年7月2日起，將臺灣澎湖看守所、臺灣澎湖少年觀護所併入本監合署辦公，原址成立澎湖分監，員工勤務由本監統一調配。於89年12月1日起， 又將分監裁撤，現有收容人移回本監，職員調回本監服勤。 為應因法務部矯正署成立，於民國100年1月1日機關名稱變 更為法務部矯正署澎湖監獄，法務部矯正署澎湖看守所及法務部矯正署澎湖少年觀護所合署辦公。

本監為重刑及普通犯監，核定收容額為1,637人，實際在監收容人數，請參閱[統計園地/收容情形]。